Российско-Японский научный центр микробиологии, метагеномики и инфекционных заболеваний был открыт в 2010 году в соответствие с программой научной и международной деятельности КрасГМУ. Целью создания Центра является осуществление фундаментальных и прикладных исследований в области клинической микробиологии по направлению «Молекулярно-генетические основы антибиотикорезистентности и патогенности актуальных нозокомиальных и внебольничных возбудителей гнойно-воспалительных заболеваний» в сотрудничестве с ведущими российскими и японскими научными центрами.