Кафедра основана в 1942 году, первым ее заведующим был известный гистолог, автор учебника «Гистология» академик А.А. Заварзин. В этот период своей деятельности он завершил учение о тканях, их классификацию, закончил теорию параллельных рядов при формировании тканей. С 1945 по 1953 год кафедрой заведовал известный гистолог, к.м.н., доцент А.М. Карпас, прибывший в Красноярск из Ленинградского медицинского института. Под его руководством разрабатывались вопросы лимфообращения и микроциркуляции. А.М. Карпас был исключительно талантливым и одаренным человеком, музыкантом (скрипачом), знал французский, немецкий и английский языки. Активно занимался переводами специальной медицинской литературы на русский язык.
В 1953–1954 гг. и. о. заведующего кафедрой являлся ассистент О.С. Юков, пришедший на кафедру после войны. В это же время был объявлен конкурс на замещение вакантной должности заведующего кафедрой гистологии, по которому прошел Е. И. Колосс, защитивший докторскую диссертацию в ВМА Ленинграда. Кафедра занималась проблемами экологической гистологии. Е. И. Колосс был блестящим ученым, который умел организовывать и проводить научные исследования. Под его руководством были защищены кандидатские диссертации К.С. Лобынцевым и В.А. Ексаевым.
В 1958–1972 гг. кафедрой вновь стал заведовать О.С. Юков. Он был блестящим лектором и педагогом. Его лаконичные и доходчивые лекции помнят выпускники вуза до сих пор. Коллектив активно изучал проблемы магнитобиологии. В это время второй доцент кафедры, к.м.н. К.С. Лобынцев, являясь одновременно заведующим ЦНИЛом института, основывает и развивает новое научное направление «Морфофункциональные взаимоотношения в функциональной системе «мать–плацента–плод» в норме и патологии». При этом он планирует и защищает докторскую диссертацию по плодо-материнским взаимоотношениям при гепатитах и односторонней адреналэктомии. Под руководством К.С. Лобынцева были защищены многие кандидатские диссертации по аналогичной тематике, а за все время его работы (1923–1993) — 15 диссертаций.
Результатом многолетней работы профессора К.С. Лобынцева явился выход монографии в соавторстве с профессором Ю.И. Савченковым (1980). Параллельно с основной работой К.С. Лобынцев являлся деканом лечебного факультета, а позднее — и проректором по учебной работе Красноярского медицинского института.С 1989 года кафедрой руководит доктор медицинских наук, профессор А.С. Пуликов. Он, основатель и разработчик научного направления по адаптации кардиореспираторной системы у детей коренного и пришлого населения в экстремальных условиях Севера и Сибири, продолжает разрабатывать экологические и функциональные аспекты морфогенеза. Под совместным руководством профессора А.С. Пуликова и кандидата медицинских наук А.А. Гайдаша проводятся интенсивные исследования по проблемам экологического биомониторинга воздействия радионуклидов в районах горно-химического комбината г. Железногорска, электрохимического комплекса г. Зеленогорска, фтористых соединений КрАЗа и СаАЗа. Большое внимание уделяется декорпорации радионуклидов, фтористых соединений и солей тяжелых металлов при помощи различной активности энтеросорбентов природного происхождения (цеолиты, гуматы).
С 1985 года А.С. Пуликов — член всесоюзной проблемной комиссии «Физиология и патология дыхания», с 1993 года — эксперт государственной научно-технической программы «Здоровье населения России». Он член диссертационного совета в Томске и Красноярске, автор 128 научных работ, из них 80 — после защиты докторской диссертации.В последнее время кафедра очень много времени уделяет учебно-методической работе, постоянно выполняются и издаются методические руководства по гистологии, совершенствуются способы углубления фундаментальной подготовки студентов по предмету. Часть студентов выполняет курсовые работы, сочетая научную и учебную деятельность, награждена грантами краевого научного фонда, лучшие студенты были лауреатами различных секций на ежегодных студенческих научных конференциях.
Коллектив кафедры составляет 14 человек. Из них 1 профессор, 3 доцента (остепененность кафедры — 75%).Все ассистенты занимаются научной работой. Выполняются 2 докторские и 6 кандидатских диссертаций. Всего, начиная с 1957 года, на кафедре гистологии выполнено и защищено 10 кандидатских и 3 докторские диссертации.В последнее время усилия кафедры направлены на автоматизацию и компьютеризацию научной и учебной деятельности.